沈括家族对医药方面都颇有建树，素来有收集药方的传统，家产的药学典籍就有《博济方》，沈括的叔祖在吴越政权时期，就曾经搜集药方“顺元散”，并将其卖给人家，药效显著，民间以此方为“沈氏五积散”。家传药方还有“白龙丸”等。沈氏一家治病救人非常热心。
沈括之兄沈披在宁国任职时，曾救治一个得了偏风病的客商。沈括在江南时，刚好那时疟疾流行，他拿“木香丸”救人，“其效如神”。沈括因为从小体弱多病，特别是得了眼疾之后，更加注意对医药学方面的研究。沈括将平生收集到的药方、医术进行汇总和整理，编成《灵苑方》，在晚年被贬谪期间，又编成《良方》一书，这是他一生治方的总结。前者共有十二卷，但早已散佚。
晁公武曾经描述沈括尤其喜欢搜集医方，其中所记载的药方，大多可以用。而《良方》原本是沈括所撰写，但因为后人附会，将其和苏轼的一些医药杂说混在了一起，经过学者研究考证，发现这部书的药方，还是沈括写的更多一些。另有学者研究，《良方》八卷，这部书大概开始创作于熙宁十年到元丰二年期间（——）或稍晚，大概到元祐元年到三年间（——）完成。
其中所著录的单个药方，都附有临床经验，有的甚至是沈括亲身实践过的。根据研究可以确定，“苏沈良方”中沈括所记录的药方有30种，其中7种来源于专业医生，5种来源于民间，5种由地方官员提供，朋友提供了4种，僧道人士提供了3种，军人和家传的各2种，宫廷秘方和古方各1种。可见这种药方来源广泛、博采众家。
沈括在《良方》中记载，广南东路有一个道人，以炼秋石为业，称秋石丹，也称为“还元丹”。沈括的父亲沈周咳嗽九年，后服秋石丹才见效。他后来又用这方药治愈了郎简的病。沈括有一个亲属得了“颠眩腹鼓”病，病了三年，也是服用秋石丹才痊愈。沈括出守宣州时，曾大病逾年，那亲属急忙写信来要他急服此药，说有再生之功效。
这味药沈家原是用“阳炼法”制作，宣州一道士向他传授“阴炼法”，并说只有两种炼法一起使用，此药才能洞入骨髓。这道人说，这药方极珍贵，秘不传人。沈括说，药方本为救人，不想保守秘密，就把它公开出来。这也表现他善良的心地和济世治人的胸怀。沈括少年体弱多病，曾有“心热血凝、心胆虚弱、喜惊多涎、眠中惊魇”等病症。
庆历年间，来自池州的医生郑感为他开处方“至宝丹”，屡试有效。从此，他开始研习医药，收集方，一生都没有停止。当时沈括还只是一个少年，父亲任江东路转运使，他随父去江宁。医生王琪向他传授“神保丸”，对他说：“诸惟膀胱气胁下痛最难治，独此丸辄能去之。”熙宁年间，沈括病项筋痛，医生们都认为是风病，治了几个月都没治好。
后来背部、右肋都疼痛难当。最后服用神保丸，病即痊愈。沈括十几岁就有眼疾。到宁年间沈括察访河北时，眼疾复发，眼晴发红，病了40多天，生病的过程中，不但生疮，还日夜痛楚，试用各种医药都不见效。当时有个郎官丘革，问沈括耳中是否发痒，说：如果耳中发痒，就是肾家风，用四生散可以医治。
沈括依方服用，午时一服，睡前一服，眼睛不仅没好，反而更加疼痛，直到二更时分才入睡。醒来后却发觉眼睛的红肿已稍退，也不再疼痛。又饮三四服，便痊愈了。由于沈括写作《良方》，尽可能注明每一药、每一方的来源、出处，因此类似这样的例子，在现今传世的《苏沈良方》中比比皆是。沈括自己说“予治方最久”，确非虚言。
沈括早在写作《良方》之前，已编写过《灵苑方》。其内容在后来的医著中都有记录，《灵苑方》一书写在庆历以后、熙宁之前。《灵苑方》现在已经失传。但《永乐大典》辑录了《灵苑方》的部分内容，《本草纲目》等医书也选用了其中的方子。《良方》是沈括唯一传世的医学著作。原来有十卷，后来因把苏轼有关医学的一些论著夹杂进去，变成了十五卷，取名《苏沈良方》。
苏沈二人生前曾经交恶，死后他们的著作，却被人编在一起，再也不能分开，真是命运给二人开了一个玩笑。沈括在给《良方》所作的序言中，提出看病有“五难理论”，这“五难”包括：
第一，辨疾之难。沈括批评一些诊病的人，只看气口六脉。而古人看病，就一定要听病人的声音，看颜色、举动、肤理、嗜好，问平时生活习惯，在比较全面地掌握了病人的情况之后，才诊视人迎、气寇、十二动脉。因为疾病是从五脏发生的，相应五色、五声、五味也会有所变化，十二动脉也会有所变动。古人诊视疾病如此仔细，还担心不够全面，唯恐发生误诊。这就是辨疾之难。
第二，治疾之难。沈括说现在那些给人看病的人，开方子时只把几味药写下来，告诉他服食的方法，交给病人就算了事。给人看病，一定要先知道阴阳通历的变化，山林川泽的荣枯，又要看病人年纪大小、身体胖瘦、生活条件好坏、劳动强度大小，以及性格脾气、情绪反应等方面的内容，根据实际情况确定处方，务求与病人的实际情况相适应。
古人治病，目不舍色，耳不舍声，手不释脉，还怕有所差错，说明了古代看病的细致。这就是治疾之难。
第三，服药之难。沈括说，古人服药，如何烹炼，如何饮用，都应非常讲究。药得久煮或不能久煮、用猛火或温火煮，这叫“煮炼有节”。服用要冷服或热服、快服或慢服、顺着性情或逆着性情服，这叫“饮啜得宜”，而且煮药的泉水有好坏，煮药的人有勤懒。有时服药无效，不完全是药石的缘故，而是服药方法不当。这就是服药之难。
第四，处方之难。药与药之间有相辅相助的，也有互相抵触的，几种药合在一起，药性就会发生变化。方书中虽然有使、佐、畏、恶等描述，但古人没有讲到的，人们不易猜测到的情况，往往是有的。药物对于病人有适应与不适应，这是由于人们的禀赋不同造成的。药物相合而产生副作用从而导致疾病的现象，是不容易掌握的。
比方说，乳石忌与参术结合，碰到就要致人死命，但人们在制作时，无不使用参术。这就是处方之难。
第五，辨药之难。有时候医生的医术非常高明，处方也好，药物使用也合法度，但最后得不到好药，这也是无可奈何的事。沈括说，橘过了长江就变成枳，麦子一湿而化生蛾，鸡到岭南就变黑，鸽到岭南却变白，月亏时节蚌蛤不见了。药性的变化也如此。药的产地不同，加上土地有肥瘠，气候有干湿，药物的功效也不完全一致。况且，采药时间有早晚，储藏方式或焙或晾。这就是辨药之难。
结语沈括在《良方》序中的这些提法，对现代医学有积极意义。他强调医生要详尽地掌握患者的临床情况，对于临床诊断和治疗，强调因人而异。对于治疗，强调不能单纯依赖药物，还要考虑患者的饮食、心理和生活环境等各个方面，也符合现代医学的理论。
